申請特定工廠需經過以下 4 個階段：
1.納管：於 109 年 3 月 20 日至 111 年 3 月 19 日提出申請。
2.提出改善計畫：於 109 年 3 月 20 日至 112 年 3 月 19 日提出。
3.改善計畫核定後進行改善：改善計畫核定後 2
年內改善完成。
4.申請特定工廠：於 109 年 3 月 20 日至 119 年 3 月 19 日前取得特定工廠登記。
工廠依法申請納管、改善及特定工廠登記，並辦理用地變更完成後，因故無法繼續營運， 是否能移轉予他人使用:
(1)依工廠管理輔導法第 28 條之 9 第 1 項第 6 款規定，取得特定工廠登記者，不得將工廠土地及
建築物全部或一部轉供他人設廠。
(2)又依工廠管理輔導法第 28 條之 11 規定，取得特定工廠登記者依法完成使用地變更編定後，得 依第 10 條第 1 項規定申請工廠登記。直轄市、縣（市）主管機關應於核准前項登記時，依第 17 條第 1 項第 1 款規定附加該工廠限於低污染之產業類別及主要產品之負擔。
(3)業者倘依法完成用地變更及一般工廠登記後，即不受工廠管理輔導法第 28 條之 9 規定之限制 (即用地變更完成後未限制移轉)，惟依第 28 條之 11 規定，後續使用者僅限作低污染工廠使用。
